Böbrekte bulunan ve genellikle 3 cm’den daha büyük olan zorlu taşların tedavisinde Perkütan Nefrolitotomi (PCNL) yöntemi tercih edilmektedir. PCNL, ciltte 1 cm’lik kesi ile gerçekleştirilen kapalı (laparoskopik) cerrahi yöntemdir. Perkütan Nefrolitotomi sayesinde, eskiden büyük kesiler gerektiren komplike taşlar artık minimal kesi ile tedavi edilebilmektedir. Bu işlem sonrası hastanın, hastanede yatış süresi 1 ila 3 gün arasında değişir. İyileşme süresi ise açık cerrahiye göre çok daha kısadır.
Perkütan Nefrolitotomi işlemi uygulanacak hastanın öncelikle böbrek ve böbreğe yakın organ ve yapıların detaylı görüntülerini çektirmesi istenmektedir. Bu tetkikler cerrahın böbreğin durumunu ve taşların yapısını değerlendirmesini ve taş tedavisi için en etkin yolu belirmesine yardımcı olur. İşlem genel anestezi altında uygulandığı için, hastanın en az 6 saat öncesinden yeme-içmeyi kesmesş istenir. Her operasyonda olduğu gibi kesi ile gerçekleştirilen PCNL öncesinde de kan sulandırıcı ilaçlar alınmamalıdır. Bu gibi ilaçların alımı operasyondan en az 1 hafta öncesinden durdurulmalıdır. Tedavi öncesi yapılan bir diğer uygulama da orta akım idrar testidir. Bu test, idrarın steril olduğunu kanıtlamak için yapılır. Bunun yanı sıra idrar kültürü, böbrek fonksiyon testleri ve tam kan tahlili de hastadan istenmektedir.
Uzman bir cerrah tarafından gerçekleştirildiğinde risk seviyesi minimum olan Perkütan Nefrolitotomi operasyonu, hastanın durumu ve taşların yapısına bağlı olarak ortalama 2-3 saat sürmekte; işlem, görüntüleme sistemleri eşliğinde 1 cm çapındaki bir tüpün kesiden böbreğe yerleştirilmesiyle başlamaktadır. Yerleştirilen tüpün içerisinden nefroskop (teleskop) aracılığıyla taşlar görüntülenip parçalanarak dışarı çıkarılırken, içeride parça kalması durumunda temizlik için ek yöntemlere başvurulabilmekte ve operasyon sonunda böbreğe yerleştirilen drenaj kateteri genellikle 24 ila 48 saat sonra çekilmektedir. Müdahaleyi takip eden 1 ila 3 gün içinde taburcu edilen hastaların, enfeksiyon riskine karşı 7 gün boyunca oral antibiyotik kullanmaları ve iyileşme sürecinin ilk birkaç haftasında fiziksel aktivitelerinde temkinli olmaları gerekirken; yara yerinde hafif ağrı hissedilmesi veya ilk hafta idrarda kan görülmesi cerrahi sürecin normal bir parçası kabul edilmektedir.